L’épidémie progresse la première semaine de janvier, risque d’intensification de la circulation du SARS-CoV-2 liée à l’émergence de nouveaux variants.

Publié chaque semaine, le point épidémiologique relatif à la surveillance de la Covid-19 présente une analyse détaillée des indicateurs mis en place par Santé publique France et son réseau de partenaires pour suivre l’évolution de l’épidémie et orienter les décisions publiques. En semaine 01 (du 4 au 10 janvier 2021), la circulation du virus s’est intensifiée : il y a 30% d’augmentation de cas confirmés. Dans ce contexte de progression de l’épidémie, l’apparition de nouveaux variants plus contagieux rend très probable l’intensification de la circulation virale dans les semaines à venir.

Une intensification de la circulation de l’épidémie

La semaine 1 (4 au 10 janvier 2021) est marquée par l’observation d’une augmentation des indicateurs épidémiologiques, ce qui pourrait présager d’une augmentation encore plus importante du nombre de cas dans les prochains jours.

Avec 18 000 cas confirmés en moyenne chaque jour durant la semaine 1 (soit 126 022 cas), on note une augmentation du taux d’incidence de 30 % par rapport à la semaine précédente. L’augmentation était observée dans toutes les classes d’âge, et est plus marquée chez les moins de 20 ans.

Après une forte baisse observée la semaine dernière, le recours au dépistage est en augmentation (+9% entre S53 et S1 et -39% entre S52 et S53). Ainsi, 1 953 125 personnes ont été testées soit un taux de 2 910/100 000 habitants. Chez les personnes symptomatiques, cette augmentation était de 34% par rapport à la semaine 53 qui représentaient 22% des personnes testées tandis qu’il était stable chez les personnes asymptomatiques (+1%). Le taux de positivité (6,5%) continue à augmenter par rapport à celui de la semaine précédente (+1,1 point).

En milieu hospitalier, les indicateurs sont à la hausse. Après une diminution en semaine 52, puis une stabilisation en semaine 53, le nombre de déclarations de nouvelles hospitalisations pour COVID-19 a augmenté entre les semaines 53 et 01 : 8 872 nouvelles hospitalisations ont été déclarées en S01 contre 7 460 en S53, soit +19%. Une augmentation du nombre de nouvelles admissions en réanimation entre les semaines 53/2020 et 01/2021 est observée (+21%) mais les augmentations par date de déclaration peuvent être dues au rattrapage des données qui n’ont pu être enregistrées pendant la période de fin d’année. Ainsi, par date d’admissions, l’augmentation est moindre mais les données ne sont pas encore consolidées [+6% et +5% respectivement - voir page 33 du PE].

L’apparition des nouveaux variants : surveillance renforcée et enquête Flash

Dès l’apparition des variants VOC 202012/01 détecté au Royaume-Uni et 501Y.V2 détecté en Afrique du Sud, une surveillance renforcée a été mise en place. Il s’agit d’évaluer et de suivre la diffusion sur le territoire national de ces variants. Dès détection d’un cas, tous les acteurs sanitaires sont mobilisés pour accompagner les personnes concernées pour le traçage de leurs contacts éventuels et leur isolement strict pour casser les chaines de transmission.

En parallèle, afin d’établir une première cartographie du degré de diffusion du variant VOC 202012/01 en France, une enquête Flash a été proposée à tous les laboratoires de biologie médicale (LBM) publics et privés par Santé publique France et le CNR Virus des infections respiratoires (Laboratoire associé de Lyon, Pr Bruno LINA) ; elle a été conduite les 7 et 8 janvier 2021 en collaboration avec le réseau de virologues hospitaliers coordonné par l’ANRS Maladies Infectieuses Emergentes.

Cette enquête repose sur une approche en deux étapes appliquée aux prélèvements pour RT-PCR : un screening par RT-PCR ThermoFisher® générant des résultats de RT-PCR dits « discordants » et laissant suspecter un possible variant VOC 202012/01; et, dans un second temps afin de confirmer ces suspicions, un séquençage de ces échantillons avec résultat discordant pour confirmer ou infirmer la présence du variant.

89 laboratoires repartis sur les 13 régions de France métropolitaine ont à ce jour participé à l’étude, représentant 25% des RT-PCR rendues positives au niveau national sur les 2 jours de l’étude. L’analyse portait ainsi sur 97 664 prélèvements RT-PCR, dont 7 465 prélèvements avec un résultat RT-PCR positif, dont 281 prélèvements discordants.

Les premiers résultats publiés ce jour donne des premières estimations de la circulation du variant :

• La proportion de résultats de RT-PCR discordants, rapportée au total des RT-PCR positives, est de 3,8%. Par ailleurs et d’après les données de surveillance du CNR, on estime que 38% des résultats discordants sont des variants confirmés par séquençage. Sur la base de ces données, il est ainsi possible d’estimer, dans l’attente des résultats de confirmation par séquençage, que ce variant serait responsable de 1 à 2% des cas de COVID-19 actuellement diagnostiqués en France.

• La proportion de résultats de RT-PCR discordants varie par ailleurs d’une région à l’autre, suggérant une présence hétérogène du variant VOC 202012/01sur le territoire. Ces comparaisons géographiques doivent toutefois rester prudente en raison d’une faible participation à l’enquête dans certaines régions.

Cette enquête sera répétée à intervalles réguliers. Les résultats consolidés de cette première édition seront communiqués lorsque l’ensemble des données et résultats de séquençage seront disponibles.

Mesures de prévention et vaccination : deux outils indispensables pour faire face à l’épidémie

Dans un contexte d’augmentation des cas de contaminations, les mesures barrières et de limitation des contacts restent les principaux moyens individuels et collectifs permettant de freiner la circulation du virus SARS-CoV-2 et d’en réduire l’impact sur le système de soins et la mortalité. L’adhésion à ces mesures est d’autant plus essentielle dans le contexte de l’identification des variants émergents, présentant un risque de transmissibilité accrue.

Parallèlement, la campagne de vaccination s’est intensifiée depuis le 04 janvier 2021. Elle vise notamment dans un premier temps les résidents en EHPAD, les professionnels de santé et est étendue aux personnes de plus de 75 ans ainsi qu’à celles présentant des pathologies les rendant vulnérables aux formes graves de la maladie. Le déploiement des vaccins dans les régions est en cours afin d’augmenter la couverture vaccinale de la population. Dans l’attente des indicateurs qui seront basés sur le système d’information Vaccin Covid et d’après les données transmises par les Agences régionales de Santé (ARS), 247 166 personnes avaient été vaccinées contre la COVID-19 en France au 13 janvier 2021.

L’accélération de la vaccination est primordiale pour réduire au plus vite le nombre de formes graves de la Covid-19 et permettre un retour vers une vie plus proche de la normale.