COVID-19 / le clone anglais « VUI-UK » Anticiper une reprise épidémique en Janvier



Emergence d’un nouveau clone « plus transmissible » du SARS- CoV-2 au Royaume-Uni et menace pour les pays européens

 

L’émergence du clone de SARS-CoV-2 appelé VUI – 2020 12/01 (clone VUI-UK) s’est faite progressivement depuis mi-septembre, date de la première détection au Royaume-Uni. Ce virus présentait d’emblée une signature génétique comportant 24 changements nucléotidiques (substitutions et délétions) dont la majorité sont localisés sur la protéine Spike (S) qui avaient déjà été rapportés individuellement, mais jamais de manière grou- pée. Ce virus semble avoir été la conséquence d’une infection chez un patient immuno-déprimé à l’issue d’une infection chronique ayant duré plusieurs mois.

Ce virus a diffusé essentiellement durant la période de confinement dans la partie Est et Sud-Est de l’Angleterre ainsi qu’à Londres, représentant dès Novembre 28 à 30% des cas diagnostiqués dans ces régions, et plus de 60% au 18 décembre 2020. L’analyse des données de surveillance suggère que ce clone se retrouverait davantage chez les enfants durant cette période de confinement où les écoles étaient restées ouvertes, mais ce résultat doit encore être validé.

Les données actuelles fournies par les autorités britanniques rapportent une augmentation du risque de transmission (R0 augmenté de +0.4 en comparaison des autres virus), avec une augmentation modérée de la « charge virale » estimée à partir des valeurs de RT-PCR (augmentation de 0.66 log soit 2 Ct en moins), mais aucune différence n’est notée à ce jour en termes de pathogénicité (manifestations cliniques, durée de la maladie) ou d’échappement à la réponse immunitaire des personnes déjà infectées au cours de deux premières vagues. La diffusion du clone dans l’ensemble de la population des régions touchées plaide pour une transmissibilité plus importante du clone VUI-UK comparée aux autres clones circulants, plutôt qu’à une diffusion plus rapide du clone via des clusters actifs liés à des groupes de population spécifiques. Cette diffusion coïncide avec une augmentation de l’incidence sur 14 jours des cas COVID-19 dans le sud-est de l’Angleterre de 100 cas pour 100 000 en semaine 41 (5-11 octobre) à 400 cas pour 100 000 en semaine 50 (7-13 décembre), malgré les mesures de confinement mises en place. Ces données épidémiologiques doivent inciter à la prudence, mais demandent à être confirmées à moyen terme.

Des virus portant exactement les mêmes 24 modifications ont été identifiés en Europe (10 au Danemark, 3 en Belgique, en Islande, en Italie et aux Pays Bas), ainsi qu’en Australie. Ces virus détectés hors de Grande-Bretagne sont des virus importés. Par ailleurs, des virus très similaires ont aussi été détectés en Afrique du Sud de manière significative, sans qu’un lien épidémiologique ait été identifié entre les cas britanniques et ceux d’Afrique du Sud. Il est probable que ces deux « occurrences » soient indépendantes, mais associées à des mécanismes similaires liés à une infection chronique chez un patient immunodé-primé. Actuellement, sur la base de la surveillance et des séquences disponibles, ce clone VUI-UK parait peu présent en France mais il sera très probablement retrouvé dans les jours qui viennent. De ce fait, une surveillance active s’impose.

Certaines questions importantes persistent et des éléments de réponses sont attendus pour la fin de la semaine 52.

a. L’apparition d’une substitution N501Y pourrait augmenter les capacités d’attachement au récepteur ACE2, participant de fait à une augmentation du risque de transmission. Cette étude mécanistique est en cours en laboratoire en Grande- Bretagne.

b. La même substitution N501Y et les délétions 69-70 et 141-145 peuvent être associées à une perte de certains sites de neutralisation (fixation d’anticorps neutralisants). Ce possible échappement immunitaire pourrait théoriquement conduire à un risque de réinfection, ainsi qu’a une perte d’efficacité de la protection immunitaire associée aux vaccins actuels. Cette hypothèse n’est actuellement pas confortée par les données de surveillance (taux de réinfection identique dans les zones de circulation du clone VUI-UK et dans les zones où il ne circule pas).
>Les premières données montrent que des sérums issus de patients ayant fait un COVID avec une autre souche peuvent neutraliser le clone anglais in vitro.

> On attend les résultats d’expériences du même type réalisés avec des anti-corps neutralisants provenant de sujets ayant reçu un vaccin. De façon théorique, les épitopes vaccinaux sont situés dans des zones différentes des zones de mutations délétions de la protéine S observées chez le clone.

Les résultats seront disponibles en fin de semaine. En parallèle, une cartographie précise des épitopes de neutralisation localisés sur la protéine S est en cours de réalisation.

Du point de vue diagnostic, ce clone est identifié par les techniques de séquençages. Les techniques de RT-PCR permettent le diagnostic, mais sans l’identifier.

a. Du point de vue diagnostic, la délétion 69-70 entraine une négativation de la détection du gène S de certains tests diagnostiques, tandis que la détection des autres gènes du virus inclus dans les mêmes tests moléculaires n’est pas affectée (« signal de risque »). Cette propriété pourrait être utilisée pour la surveillance, notamment en France qui ne dispose pas du même niveau de séquençage de virus comparé au Royaume Uni.

b. Des procédures de détection rapide par RT-PCR sont en cours de développement en Grande-Bretagne. En France, il convient de noter que le CNR des virus respira- toires avait identifié un kit commercial (Thermo Fisher) qui permet déjà de surveiller une éventuelle introduction du clone VUI-UK. Les plateformes diagnostiques MGI des sites d’Amiens, Clermont-Ferrand, Lille, Lyon, Paris-Broussais, Poitiers, Rennes et Tours l’utilisent en routine et représentent environ 30% des tests RT- PCR réalisés en France. En cas de signal de risque, les prélèvements devraient être séquencés sur place ou au niveau des CNR.
c. La plupart des tests antigéniques rapides (TRA) ou fondes sur l’ELISA détectent la protéine de nucléocapside du virus SARS-CoV-2. Ils n’ont donc a priori pas de rai- son d’être affectés par les mutations de la protéine Spike.

Les informations suivantes provenant des scientifiques anglais (rapport en cours) avec des tests rapides antigéniques ciblant la nucléoprotéine utilisés au Royaume Uni montrent que la détection de cette protéine n’est pas altérée pour le variant VUI-UK.

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