COVID-19 : Indicateurs d’incidence nationale et hospitaliers toujours en baisse, croissance exponentielle du variant Delta

Bulletin épidémiologique – Semaine 25

Résumé de la situation actuelle : des indicateurs d’incidence nationale
et hospitaliers toujours en baisse,  mais une croissance
exponentielle du variant Delta

Du 21 au 27 Juin 2021
 Par David Simard, Eric Billy et Germain Forestier
pour Du Côté de la Science
 

   

Les indicateurs épidémiologiques évoluent toujours favorablement au niveau national, avec cependant des points d’attention territoriaux. Au 27/06, les hospitalisations en cours s’élèvent à 8 986 (-14,6% par rapport au 20/06). Les soins critiques en cours s’élèvent à 1 345 (-21,0% par rapport au 20/06). Les nouvelles admissions hospitalières continuent de décroître à un rythme soutenu (-28,9% globalement, et -27,4% pour les soins critiques).
    232 nouveaux décès ont été enregistrés durant la semaine. Aucun décès en EHPAD n’est rapporté, et les décès à l’hôpital continuent de décroître, à un rythme de nouveau soutenu (-28,8%).
    L’incidence s’élevait à 20 au 24/06 au niveau national en semaine glissante. Si elle est globalement orientée à la baisse, la situation est contrastée selon les départements et les tranches d’âges, avec des évolutions erratiques du fait de l’émergence de foyers de contamination (clusters), tandis qu’une diffusion plus communautaire est signalée dans certains territoires par Santé Publique France. Le taux de positivité descendait quant à lui à 0,8%.
    Au 24/06, 2 départements ont une incidence sur 7 jours supérieure à 50, dont 1 supérieure à 100 (La Réunion) et 1 supérieure à 200 (Guyane). L’évolution de l’incidence est orientée à la baisse dans tous les départements de la métropole, mais est en hausse dans certains départements pour certaines tranches d’âges scolaires.
    Au cours de la semaine, 1 340 614 personnes ont reçu au moins une première dose de vaccin. La primo-vaccination connaît un ralentissement significatif pour la 2e semaine consécutive, avec -21,6% par rapport à la semaine précédente. 2 936 292 personnes ont été complètement vaccinées, soit 12,2% de plus que la semaine précédente.
    Depuis le début de la vaccination, 49,6% de la population ont reçu au moins une dose et 31,5% ont été complètement vaccinés. 84,8% des 70 ans et plus ont reçu au moins une dose, 76,2% sont complètement vaccinés.
    Les données de suivi des mutations des variants ne sont à ce jour toujours pas disponibles. Seuls les points épidémiologiques hebdomadaires de Santé Publique France (SPF) publient des données. SPF fait état d’une forte augmentation de la mutation L452R dans les tests positifs criblés, et du variant Delta dans les données de surveillance génomique

L'évolution des indicateurs hospitaliers
Inférieur à 1000, le nombre des nouvelles admissions hebdomadaires à l’hôpital est en baisse pour la 11ème semaine consécutive, à un rythme moins rapide que la semaine précédente mais soutenu (-28,9%).

Avec 230 nouvelles admissions, les soins critiques sont en baisse pour la 9e semaine consécutive, à un rythme également moins élevé que la semaine précédente (-27,4%). Les hospitalisations en cours continuent de régresser et s’élèvent à 8 986 le 27/06. Le niveau des soins critiques en cours continue de baisser également. Le nombre de soins critiques en cours rapporté au nombre d’hospitalisations en cours reste environ 2 fois supérieur à ce qu’il était en juin 2020.

La baisse des hospitalisations en cours continue de s’observer dans toutes les tranches d’âges. En moyenne sur 7 jours, les 40-49 ans descendent sous le seuil des 500, les 60-69 ans sous celui des 2 000, les 90 ans et plus sous celui des 1 000. Concernant les soins critiques en cours, ils reculent dans toutes les tranches d’âges, avec une baisse de plus de 20% chez les 20-29 ans, 30-39 ans, 50-59 ans, 70-79 ans et 80-89 ans.

Sur les 7 derniers jours disponibles au 24/06 (J-3), le nombre de personnes testées a continué à reculer, et s’est élevé à un peu plus d’1,7 million (-4,4%). Ce recul s’observe principalement chez les 0-9 ans (-10,8%) et 10-19 ans (-15,7%), à corréler avec la baisse des tests en milieu scolaire. Les 20-49 ans dessinent en revanche une légère augmentation du nombre de tests. Un peu plus de 13 000 personnes ont été détectées positives au SARS-CoV-2, soit un taux de positivité de 0,8%. Le nombre moyen de cas positifs par jour sur 7 jours est désormais inférieur à 2 000.

L'évolution de l'incidence
L’incidence par tranches d’âges regroupées en dizaine est toujours en recul dans l’ensemble de celles-ci. Elle est supérieure à la moyenne nationale chez les 10-49 ans, et inférieure à celle-ci dans les autres tranches d’âges. Elle est inférieure à 10 chez les 70-89 ans, et supérieure à 30 chez les 20-29 ans.

La baisse globale du nombre de personnes testées positives est moins soutenue que la période de 7 jours précédente (-29% vs -42%). Le nombre de personnes testées positives est cependant en augmentation dans 5 départements de la métropole (l’Aisne +18%, l’Indre + 25%, les Landes +27%, la Corse-du-Sud +33%, la Lozère +300%), et tous les départements de l’Outre-mer à l’exception de la Guyane. Le taux d’incidence national est désormais inférieur à 20, et s’établissait à 19,5 sur 7 jours glissants au 24/06. Il était supérieure à 50 dans les Landes, et atteignait 131 à la Réunion et 243 en Guyane.

En semaine 24 (dernière semaine disponible), l’incidence nationale par niveaux scolaires poursuivait sa baisse dans toutes les tranches d’âges de 3 à 17 ans. Les 3-5 ans affichaient une incidence inférieure à l’incidence nationale toutes tranches d’âges confondues, qui s’établissait à 24. Les 6-10 ans affichaient une incidence égale à l’incidence nationale. Au niveau régional, l’incidence des 3-5 ans en Normandie était en légère hausse (29 vs 27), et elle stagnait en Nouvelle-Aquitaine (13). Chez les 6-10 ans, elle régressait dans toutes les régions.

Au niveau départemental, les situations étaient plus contrastées. L’incidence était en hausse dans les Landes pour les tranches d’âges de 3 à 14 ans, et s’élevait à 133 parmi les 6-10 ans, et 157 parmi les 11-14 ans, niveaux les plus élevés de tous les départements de la métropole. Parmi les 3-5 ans, elle augmentait dans 18 autres départements, dont tous les départements d’Outre-mer à l’exception de Mayotte. Concernant les 6-10 ans, outre les Landes, l’incidence était en hausse dans 8 autres départements, dont 6 en métropole (Guyane 109, Aveyron 49, Allier 41, Haute-Marne 22, Var 17, Martinique 16, Ariège 13, Loir-et-Cher 5). Parmi les 3-10 ans, on n’observait pas de hausse de l’incidence qui se prolongeait sur plus de 2 semaines consécutives. Pour les 3-5 ans, l’incidence dans la Marne était ainsi redescendue à 26 (vs 36 en semaine 23 et 26 en semaine 22).

L’incidence nationale parmi les 11-14 ans s’élevait à 35. Elle restait supérieure à 100 dans 3 départements dont 2 en Outre-mer (en baisse) et la hausse dans les Landes, contre 11 la semaine précédente. Outre les Landes, elle était en augmentation dans 9 autres départements (Pyrénées-Orientales 69, Mayenne 66, Marne 65, Haute-Loire 63, Territoire de Belfort 57, Haute-Marne 52, Deux-Sèvres 21, Loir-et-Cher 18, Martinique 12). Concernant les 15-17 ans, elle était en baisse dans les Landes (67), après un niveau élevé (215) la semaine précédente. Elle était orientée à la baisse mais en restant à des niveaux élevés en Guyane (277) et à la Réunion (168). Elle était en très forte hausse dans l’Allier, à 165 vs 37 la semaine précédente. Elle augmentait également dans 6 autres départements (Mayenne 92, Hérault 46, Aude 40, Haute-Marne 36, Indre 28, Alpes-de-Haute-Provence 18). Tout en étant orientée à la baisse, elle restait élevée dans les Pyrénées-Orientales (115).
 
L'évolution des variants
La mise en place par Santé Publique France de la nouvelle méthode de criblage pour le suivi des variants du SARS-CoV-2, reposant sur le criblage de mutations spécifiques (E484K, E484Q, L452R), ne donne toujours pas lieu à la publication ouverte des données.

Pour rappel, la mutation L452R est retrouvée notamment dans le variant Delta (le variant “indien” le plus préoccupant) devenu prédominant au Royaume Uni, au Portugal et en Afrique du Sud. Selon l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), le variant Delta est désormais présent dans au moins 85 pays. Toujours selon l’OMS, le variant Delta serait en train de devenir majoritaire dans le monde.

En France, depuis le 07/06, seuls les chiffres publiés dans les points épidémiologiques hebdomadaires de Santé Publique France sont disponibles, les données publiques sur la plateforme Géodes de Santé Publique France s’interrompant au 06/06.

Dans son dernier point épidémiologique hebdomadaire (n° 69 du 24/06), Santé Publique France rapporte les données de criblage pour la semaine 24. Celles-ci portent sur 45,2% des tests RT-PCR et antigéniques positifs, en hausse par rapport à la semaine précédente (37,5%). Parmi ces tests positifs, la mutation E484K a été retrouvée dans 16,9% des cas. La mutation E484Q a été retrouvée dans 0,9% des tests. La mutation L452R a été retrouvée dans 10,5% des tests, contre 4,6% la semaine précédente. La part de la mutation présente dans le variant Delta parmi les tests positifs criblés en France a ainsi plus que doublé en 1 semaine. Elle a atteint 74% dans les Landes.

Par ailleurs, toujours selon le dernier point épidémiologique de Santé Publique France, les résultats préliminaires de la surveillance par séquençage génomique, dans le cadre de l’enquête Flash #11 du 08 juin 2021, indiquent un taux de variant Delta de 7,0% des séquences interprétables, contre 0,8% dans l’enquête Flash#10, soit une multiplication par plus de 7, après une multiplication par près de 5 entre l’enquête Flash #10 et l’enquête Flash #9. Les régions dans lesquelles la part de variant Delta parmi les séquences interprétables est la plus élevée sont la Nouvelle-Aquitaine, l’Île-de-France et la Provence-Alpes-Côte d’Azur.

Point de référence :
Variant Alpha, aussi connu comme UK, 20I, V1 ou B.1.1.7 – Mutations: dans Spike S:N501Y et S:H69del (https://covariants.org/variants/20I.Alpha.V1)
Variant Beta, aussi connu comme Sud Africain, 20H, V2 ou B.1.351 – Mutations: dans Spike S:N501Y, S:E484K, S:L18F, S:K417N, et S:D80A (https://covariants.org/variants/20H.Beta.V2)
Variant Gamma, aussi connu comme Bresilien, 20J, V3 ou P.1 – Mutations: dans Spike S:N501Y, S:E484K, S:L18F, S:K417T et S:H655Y (https://covariants.org/variants/20J.Gamma.V3)
Variant Delta, aussi connu comme Indien, 21A ou B.1.617.2 – Mutations: dans Spike S:L452R, S:P681, S:T19R, S:R158G, S:T478K, S:D950N, S:E156del et S:F157del (https://covariants.org/variants/21A.Delta)
Avec le nouveau système de criblage, un profile 484K+/484Q-/452R- correspondrait a un variant  Beta, Gamma ou Eta (variant US/NY), alors qu’un profile 484K-/484Q-/452R+ correspondrait a un variant Delta, Kappa (autre variant indien) et Epsilon (variant californien)

L'évolution de la vaccination
Le nombre de personnes ayant reçu au moins une 1e dose lors de la semaine s’élève à moins de 1,4 million, soit -21,6% par rapport à la semaine précédente, qui accusait déjà un recul de près de 30% par rapport à la semaine antérieure.

Le rythme des primo-vaccinations s’est très fortement ralenti pour la 2e semaine consécutive. Il n’atteint toujours pas 80% chez les 80 ans et plus, et augmente de moins de 1% en 7 jours chez les 65 ans et plus.

Plus de 2,9 millions de personnes ont été complètement vaccinées, soit 12,2% de plus que la semaine précédente. 31,5% de la population sont désormais complètement vaccinés, tandis que la moitié ne l’est pas du tout.